A veszélyes vírusok genomjának megosztására szolgáló új adatbázis a kutatók számára számos olyan probléma megoldását ígéri, amelyek hátráltatják a meglévő alternatívákat. De először meg kell győzni a kutatókat a használatukról.

A Pathoplexus - a kórokozó és a plexus kombinációja - a múlt hónapban jelent meg, és az adatbázis mögött álló tudóscsoport reméli, hogy több kutatót motivál majd arra, hogy megosszák az ismert és újonnan megjelenő vírusok genetikai szekvenciáit, amelyek közegészségügyi szempontból fontosak.

A szekvenciák lehető leggyorsabb megosztása fontos az új vírusok azonosításához és a változások nyomon követéséhez, amelyek veszélyesebbé tehetik őket az emberek számára, valamint az oltások kifejlesztéséhez – magyarázza Edward Holmes, az ausztrál Sydney Egyetem virológusa.

A Pathoplexus jelenleg négy olyan vírusra összpontosít, amelyek nem szerepelnek konkrétan más adatbázisokban: a krími-kongói vérzéses láz vírusa, az Ebola Sudan, az Ebola Zaire és a nyugat-nílusi vírus. Később további kórokozókat is hozzáadnak a csapathoz.

Meglévő akadályok

A legnagyobb létező adattárak közé tartozik az egyesült államokbeli GenBank, amely korlátlan hozzáférést biztosít genomikai adataihoz. A nyilvános hozzáférés azonban azt jelenti, hogy elméletileg bárki felhasználhatja az adatokat tudományos cikkek közzétételére anélkül, hogy elismerné az adatok tulajdonosait. Ez eltántorította a tudósokat – különösen az alacsony jövedelmű országokból – attól, hogy gyorsan megosszák adataikat, például közegészségügyi vészhelyzet esetén. Egy alternatív adattár, a GISAID megköveteli a felhasználóktól, hogy regisztráljanak, ismerjék el az adattulajdonosokat, és tegyenek meg mindent a tulajdonosokkal való együttműködés érdekében. Az adatbázist az adatszolgáltatók jogainak biztosítására fejlesztették ki.

A GISAID rendkívül hasznos volt a COVID-19 világjárvány idején népszerű és csaknem 17 millió szekvenciát tartalmaz a COVID-19 mögött álló SARS-CoV-2 vírusból. A kutatóknak azonban aggodalmaik vannak a átláthatóság irányításában, hogyan közvetít az elismerési vitákban, és hogyan szab ki szankciókat azokkal szemben, akikről úgy véli, hogy megsértették a Szolgáltatási feltételeket.

„A GISAID sok frusztrációt okozott az elmúlt években” – mondja Spyros Lytras, a Tokiói Egyetem evolúciós virológusa. "Ezekből a tapasztalatokból a tudományos közösség megtanulta, hogyan tehetünk jobbat. Közösségként szükségünk van egy resetre, és a Pathoplexus lehet a megoldás."

A GISAID képviselője egy e-mailben elmondta, hogy erős a bizalom a tudományos közösség felé, és több mint 70 000 kutató használja az oldalt. Irányító szerveinek és finanszírozóinak szerepkörét a honlapon mutatják be, felhasználási feltételei a 2008-as alapítás óta nem változtak – mondta a képviselő.

Építsd a bizalmat

A Pathoplexus bizonyos védelmet kínál a felhasználók számára. For example, researchers can set restrictions on how their data can be used, for example it cannot be used as the central focus of scientific publications for up to a year without their express permission. Ez elegendő időt biztosít az adatok tulajdonosainak ahhoz, hogy kéziratot nyújtsanak be eredményeikről.

A felhasználóknak publikációikban az adattulajdonosokat is el kell ismerniük. „Olyan közösséget kívánunk építeni, amelyben a kutatók biztosak lehetnek abban, hogy hozzájárulásaikat tiszteletben tartják és megfelelően elismerik” – mondja Jamie Southgate, a Pathoplexus tagja, a dél-afrikai Fokvárosban székelő Public Health Alliance for Genomic Epidemiology globális koalíció műveleti igazgatója.

A Pathoplexus nem akadályozza meg a Felhasználási Feltételeket megszegő személyek hozzáférését az Oldalhoz, amely A GISAID ritka esetekben ezt tette. Ehelyett a csapat felveszi a kapcsolatot a folyóiratokkal annak biztosítására, hogy a közzétett adatokat a megosztás módjának megfelelően használják fel – magyarázza Emma Hodcroft, a Pathoplexus társalapítója és a svájci bázeli Swiss Tropical and Public Health Institute molekuláris epidemiológusa. „Megpróbáltuk hihetetlenül egyértelművé tenni a feltételeket” – mondja.

„Jó, okos megoldás” – mondja Senjuti Saha, a dakkai Child Health Research Foundation molekuláris mikrobiológusa, aki támogatja a kiadókkal való kapcsolatfelvétel gyakorlatát. – Ennek így kell lennie. Úgy gondolja, hogy a Pathoplexus transzparenciája növeli a bizalmat a tudományos közösségben.

De még túl korai megmondani, hogy az adattár megoldja-e a jelenlegi adatmegosztási problémákat, mondja Saha. "Ez egy kiváló és fantasztikus első lépés."

A felhasználók hajlamosak lehetnek a sorozatok megosztására a helyi adatbázisokban. Kínában például a kutatók nagyobb valószínűséggel teszik közzé a feltörekvő vírusok szekvenciáit kínai adatbázisokban – mondja Shi Mang, a kínai Sencsenben található Szun Jat-szen Egyetem evolúciós biológusa, aki szintén a Pathoplexus tudományos tanácsadó testületének tagja. De a bevett vírusok esetében valószínűleg a Pathoplexus által kínált, jól karbantartott gyűjteményekkel rendelkező tárolókat fognak használni.

Továbbfejlesztett felhasználói élmény

A Pathoplexus fejlesztői igyekeztek javítani a felhasználói élményen, többek között a feltöltés lehető legegyszerűbbé tételével. A Pathoplexus emellett ellenőrzi a szekvenciaadatokat és a kísérő információkat, hogy vannak-e hibák, és segít a vírusok altípusokba rendezésében. „Valójában ez vonzott engem ehhez az adatbázishoz” – mondja Shi. A jelenlegi adattárak helytelen sorrendje jelentősen hátráltathatja a kutatókat – teszi hozzá.

A Pathoplexus eddig a GenBank adatait használta a négy vírushoz az oldal feltöltéséhez. Látogatók ezrei már felkeresték az oldalt, és 50-en hoztak létre fiókot az adatok elküldéséhez, de eddig senki sem küldött be sorozatokat, magyarázza Hodcroft. "Nem számítottunk nagy mennyiségű adatra azokra a kórokozókra, amelyekkel kezdtük."

A más vírusokkal foglalkozó kutatóknak meg kell várniuk, amíg az adatbázis kibővül, hogy belefoglalja őket. A bővítéshez a csapatnak hosszú távú finanszírozást kell biztosítania. Az oldalt jelenleg önkéntesek és számítógépes időadományok üzemeltetik, ami körülbelül hat hónap múlva ér véget. Hodcroft azt mondja, hogy jelenlegi célja az adományozók vonzása. – Óvatosan optimista vagyok.