O nouă bază de date pentru ca cercetătorii să partajeze genomul virușilor periculoși promite să rezolve multe dintre problemele care împiedică alternativele existente. Dar mai întâi cercetătorii trebuie să fie convinși să le folosească.

Pathoplexus - o combinație de agent patogen și plex - a fost lansat luna trecută, iar echipa de oameni de știință din spatele bazei de date speră că va motiva mai mulți cercetători să împărtășească secvențe genetice ale virusurilor cunoscute și emergente cu importanță pentru sănătatea publică.

Partajarea secvențelor cât mai repede posibil este importantă pentru identificarea noilor viruși și urmărirea modificărilor care le-ar putea face mai periculoase pentru oameni, precum și pentru dezvoltarea vaccinurilor, explică Edward Holmes, virolog la Universitatea din Sydney, Australia.

Pathoplexus este în prezent concentrat pe patru viruși care nu sunt enumerați în mod specific în alte baze de date: virusul febrei hemoragice Crimeea-Congo, Ebola Sudan, Ebola Zair și virusul West Nile. Mai mulți agenți patogeni vor fi adăugați mai târziu, a spus echipa.

Obstacole existente

Printre cele mai mari depozite existente se numără GenBank din Statele Unite, care oferă acces nerestricționat la datele sale genomice. Dar accesul public înseamnă că, în teorie, oricine poate folosi datele pentru a publica articole științifice fără a recunoaște proprietarii datelor. Acest lucru i-a descurajat pe oamenii de știință, în special din țările cu venituri mici, să-și partajeze rapid datele, cum ar fi în timpul unei urgențe de sănătate publică. Un depozit alternativ, GISAID, cere utilizatorilor să se înregistreze, să recunoască proprietarii de date și să facă tot posibilul pentru a coopera cu proprietarii. Baza de date a fost dezvoltată pentru a asigura drepturile celor care transmit datele.

GISAID a fost extrem de util în timpul pandemiei de COVID-19 popular și conține aproape 17 milioane de secvențe din SARS-CoV-2, virusul din spatele COVID-19. Cu toate acestea, cercetătorii au îngrijorări cu privire la transparenţă în guvernarea sa, modul în care mediază litigiile privind recunoașterea și modul în care impune sancțiuni celor despre care consideră că au încălcat Termenii și condițiile.

„GISAID a provocat multă frustrare în ultimii ani”, spune Spyros Lytras, virolog evoluționist la Universitatea din Tokyo. „Din aceste experiențe, comunitatea științifică a învățat cum putem face mai bine. O resetare este ceea ce avem nevoie ca comunitate, iar Pathoplexus ar putea fi soluția”.

Un reprezentant GISAID a spus într-un e-mail că încrederea pe care o are în comunitatea științifică este puternică și că peste 70.000 de cercetători folosesc site-ul. Rolurile organelor de guvernare și ale finanțatorilor săi sunt prezentate pe site, iar termenii lor de utilizare nu s-au schimbat de la înființarea sa în 2008, a spus reprezentantul.

Construiți încredere

Pathoplexus oferă unele protecții pentru utilizatori. De exemplu, cercetătorii pot stabili restricții cu privire la modul în care datele lor pot fi utilizate, de exemplu, acestea nu pot fi folosite ca obiectiv central al publicațiilor științifice timp de până la un an fără permisiunea lor expresă. Acest lucru ar trebui să ofere proprietarilor de date suficient timp pentru a trimite un manuscris despre rezultatele lor.

Utilizatorii trebuie, de asemenea, să recunoască proprietarii datelor în publicațiile lor. „Intenționăm să construim o comunitate în care cercetătorii au încredere că contribuțiile lor sunt respectate și recunoscute în mod corespunzător”, spune Jamie Southgate, membru al Pathoplexus și director de operațiuni pentru coaliția globală Public Health Alliance for Genomic Epidemiology cu sediul în Cape Town, Africa de Sud.

Pathoplexus nu va bloca pe oricine care încalcă Termenii de utilizare să acceseze Site-ul, ceea ce GISAID a făcut acest lucru în cazuri rare. În schimb, echipa va contacta reviste pentru a se asigura că datele publicate sunt utilizate în conformitate cu modul în care au fost partajate, explică Emma Hodcroft, co-fondatoare Pathoplexus și epidemiolog molecular la Institutul Elvețian de Sănătate Tropicală și Publică din Basel, Elveția. „Am încercat să facem condițiile incredibil de clare”, spune ea.

„Este o soluție bună, inteligentă”, spune Senjuti Saha, microbiolog molecular la Child Health Research Foundation din Dhaka, care sprijină practica de a contacta editorii. „Așa ar trebui să fie.” Ea crede că transparența lui Pathoplexus va crește încrederea în comunitatea științifică.

Dar este încă prea devreme să spunem dacă depozitul va rezolva problemele actuale de partajare a datelor, spune Saha. „Este un prim pas excelent și fantastic.”

De asemenea, utilizatorii pot avea tendința de a partaja secvențe în bazele de date locale. În China, de exemplu, este mai probabil ca cercetătorii să publice secvențe de viruși emergenti în bazele de date chineze, spune Shi Mang, un biolog evoluționist la Universitatea Sun Yat-sen din Shenzhen, China, care face parte, de asemenea, în consiliul consultativ științific al Pathoplexus. Dar pentru virușii stabiliți, probabil că vor folosi depozite cu colecții bine întreținute pe care le oferă Pathoplexus.

Experiență îmbunătățită a utilizatorului

Dezvoltatorii Pathoplexus au încercat să îmbunătățească experiența utilizatorului, inclusiv făcând încărcarea cât mai ușoară posibil. Pathoplexus verifică, de asemenea, datele secvenței și informațiile însoțitoare pentru erori și ajută la organizarea virușilor în subtipuri. „De fapt, asta m-a atras către această bază de date”, spune Shi. Secvențele incorecte din depozitele actuale pot împiedica în mod semnificativ cercetătorii, adaugă el.

Până acum, Pathoplexus a folosit datele GenBank pentru cei patru viruși pentru a popula site-ul. Mii de vizitatori au accesat deja site-ul și 50 și-au creat conturi pentru a trimite date, dar nimeni nu a trimis secvențe până acum, explică Hodcroft. „Nu ne așteptam la cantități mari de date pentru agenții patogeni cu care am început.”

Cercetătorii care lucrează la alți viruși vor trebui să aștepte până când baza de date se extinde pentru ai include. Pentru a se extinde, echipa trebuie să asigure finanțare pe termen lung. Site-ul este condus în prezent de voluntari și a donat timp de calculator, care se va încheia în aproximativ șase luni. Hodcroft spune că scopul ei actual este să atragă donatori. „Sunt prudent optimist.”