Uusi tietokanta tutkijoille vaarallisten virusten genomien jakamiseksi lupaa ratkaista monet ongelmat, jotka haittaavat olemassa olevia vaihtoehtoja. Mutta ensin tutkijat on saatava käyttämään niitä.

Patoplexus - patogeenin ja plexuksen yhdistelmä - lanseerattiin viime kuussa, ja tietokannan takana oleva tutkijaryhmä toivoo, että se motivoi lisää tutkijoita jakamaan tunnettujen ja esiin tulevien virusten geneettisiä sekvenssejä, joilla on kansanterveydelle merkitystä.

Sekvenssien jakaminen mahdollisimman nopeasti on tärkeää uusien virusten tunnistamisessa ja muutosten seurannassa, jotka voivat tehdä niistä vaarallisempia ihmisille, sekä rokotteiden kehittämisessä, selittää virologi Edward Holmes Sydneyn yliopistosta Australiasta.

Pathoplexus keskittyy tällä hetkellä neljään virukseen, joita ei ole nimenomaisesti lueteltu muissa tietokannoissa: Krimin ja Kongon verenvuotokuumevirus, Ebola Sudan, Ebola Zaire ja Länsi-Niilin virus. Lisää taudinaiheuttajia lisätään myöhemmin, tiimi sanoi.

Olemassa olevat esteet

Yksi suurimmista olemassa olevista arkistoista on GenBank Yhdysvalloissa, joka tarjoaa rajoittamattoman pääsyn genomitietoihinsa. Mutta julkinen pääsy tarkoittaa teoriassa sitä, että kuka tahansa voi käyttää tietoja tieteellisten artikkeleiden julkaisemiseen tunnustamatta tiedon omistajia. Tämä on lannistanut erityisesti alhaisen tulotason maiden tutkijoita jakamasta tietojaan nopeasti esimerkiksi kansanterveyskriisin aikana. Vaihtoehtoinen tietovarasto, GISAID, vaatii käyttäjiä rekisteröitymään, tunnustamaan tietojen omistajat ja tekemään parhaansa tehdäkseen yhteistyötä omistajien kanssa. Tietokanta on kehitetty varmistamaan tietojen toimittajien oikeudet.

GISAID on ollut erittäin hyödyllinen COVID-19-pandemian aikana suosittu ja sisältää lähes 17 miljoonaa sekvenssiä SARS-CoV-2:sta, COVID-19:n taustalla olevasta viruksesta. Tutkijat ovat kuitenkin huolissaan läpinäkyvyys hallinnossaan, kuinka se välittää tunnustamiskiistaa ja kuinka se määrää seuraamuksia niille, joiden uskoo rikkoneen käyttöehtoja.

"GISAID on aiheuttanut paljon turhautumista viime vuosina", sanoo Spyros Lytras, evoluutiovirologi Tokion yliopistosta. "Näistä kokemuksista tiedeyhteisö on oppinut, kuinka voimme tehdä paremmin. Nollaus on se, mitä tarvitsemme yhteisönä, ja Pathoplexus voisi olla ratkaisu."

GISAIDin edustaja sanoi sähköpostissa, että sillä on vahva luottamus tiedeyhteisöön ja että yli 70 000 tutkijaa käyttää sivustoa. Sen hallintoelinten ja rahoittajien roolit on esitelty verkkosivuilla, ja niiden käyttöehdot eivät ole muuttuneet sen perustamisesta vuonna 2008, edustaja sanoi.

Rakenna luottamusta

Pathoplexus tarjoaa käyttäjille joitain suojauksia. Tutkijat voivat esimerkiksi asettaa rajoituksia tietojensa käytölle, esimerkiksi sitä ei saa käyttää tieteellisten julkaisujen keskipisteenä enintään vuoden ajan ilman heidän nimenomaista lupaansa. Tämän pitäisi antaa tietojen omistajille riittävästi aikaa lähettää käsikirjoitus tuloksistaan.

Käyttäjien tulee myös mainita tietojen omistajat julkaisuissaan. "Aiomme rakentaa yhteisön, jossa tutkijat luottavat siihen, että heidän panoksiaan kunnioitetaan ja tunnustetaan asianmukaisesti", sanoo Jamie Southgate, Pathoplexuksen jäsen ja globaalin liittoutuman Public Health Alliance for Genomic Epidemiology -järjestön toimintajohtaja Kapkaupungissa, Etelä-Afrikassa.

Pathoplexus ei estä ketään, joka rikkoo käyttöehtoja, pääsemästä Sivustolle, mikä GISAID on tehnyt niin harvoissa tapauksissa. Sen sijaan tiimi ottaa yhteyttä lehtiin varmistaakseen, että julkaistuja tietoja käytetään niiden jakamisen mukaisesti, selittää Emma Hodcroft, Pathoplexuksen perustaja ja molekyyliepidemiologi Sveitsin trooppisen ja kansanterveysinstituutin Baselissa, Sveitsissä. "Yritimme tehdä olosuhteista uskomattoman selkeät", hän sanoo.

"Se on hyvä, näppärä ratkaisu", sanoo Senjuti Saha, molekyylimikrobiologi Child Health Research Foundationista Dhakassa ja tukee käytäntöä ottaa yhteyttä julkaisijoihin. "Näin sen pitäisi olla." Hän uskoo, että Pathoplexuksen läpinäkyvyys lisää luottamusta tiedeyhteisössä.

Mutta on vielä liian aikaista sanoa, ratkaiseeko arkisto nykyiset tiedonjakoongelmat, Saha sanoo. "Se on erinomainen ja upea ensimmäinen askel."

Käyttäjillä saattaa myös olla tapana jakaa sekvenssejä paikallisissa tietokantoissa. Esimerkiksi Kiinassa tutkijat julkaisevat todennäköisemmin uusien virusten sekvenssejä kiinalaisissa tietokantoissa, sanoo Shi Mang, evoluutiobiologi Sun Yat-sen -yliopistosta Shenzhenissä, Kiinassa, joka myös istuu Pathoplexuksen tieteellisessä neuvottelukunnassa. Mutta vakiintuneiden virusten kohdalla he todennäköisesti käyttävät Pathoplexuksen tarjoamia arkistoja, joissa on hyvin hoidettuja kokoelmia.

Parempi käyttökokemus

Pathoplexuksen kehittäjät ovat yrittäneet parantaa käyttökokemusta muun muassa tekemällä lataamisesta mahdollisimman helppoa. Pathoplexus myös tarkistaa sekvenssitiedot ja mukana olevat tiedot virheiden varalta ja auttaa järjestämään virukset alatyypeiksi. "Se itse asiassa veti minut tähän tietokantaan", Shi sanoo. Väärät sekvenssit nykyisissä arkistoissa voivat merkittävästi haitata tutkijoita, hän lisää.

Toistaiseksi Pathoplexus on käyttänyt GenBank-tietoja neljälle virukselle täyttääkseen sivuston. Tuhannet vierailijat ovat jo käyneet sivustolla ja 50 on luonut tilit lähettääkseen tietoja, mutta kukaan ei ole toistaiseksi lähettänyt sarjoja, Hodcroft selittää. "Emme odottaneet suuria tietomääriä taudinaiheuttajista, joista aloitimme."

Muiden virusten parissa työskentelevien tutkijoiden on odotettava, kunnes tietokanta laajenee sisältämään ne. Laajentuakseen joukkueen on turvattava pitkäaikainen rahoitus. Sivustoa ylläpitävät tällä hetkellä vapaaehtoiset ja lahjoitettu tietokoneaika, joka päättyy noin puolen vuoden kuluttua. Hodcroft sanoo, että hänen nykyinen tavoitteensa on houkutella lahjoittajia. "Olen varovaisen optimistinen."