Nova baza podataka za istraživače za dijeljenje genoma opasnih virusa obećava rješavanje mnogih problema koji ometaju postojeće alternative. Ali prvo se istraživači moraju uvjeriti da ih koriste.

Pathoplexus - kombinacija patogena i pleksusa - lansiran je prošli mjesec, a tim znanstvenika koji stoji iza baze podataka nada se da će motivirati više istraživača da podijele genetske sekvence poznatih i novonastalih virusa od značaja za javno zdravlje.

Dijeljenje sekvenci što je brže moguće važno je za identifikaciju novih virusa i praćenje promjena koje bi ih mogle učiniti opasnijima za ljude, kao i za razvoj cjepiva, objašnjava Edward Holmes, virolog sa Sveučilišta u Sydneyu, Australija.

Pathoplexus je trenutno usredotočen na četiri virusa koji nisu posebno navedeni u drugim bazama podataka: virus krimsko-kongoanske hemoragijske groznice, ebola Sudan, ebola Zaire i virus zapadnog Nila. Još će patogena biti dodano kasnije, rekao je tim.

Postojeće prepreke

Među najvećim postojećim repozitorijima je GenBank u Sjedinjenim Državama, koji nudi neograničen pristup svojim genomskim podacima. No, javni pristup znači da, u teoriji, svatko može koristiti podatke za objavljivanje znanstvenih članaka bez priznavanja vlasnika podataka. To je obeshrabrilo znanstvenike, osobito iz zemalja s niskim prihodima, da brzo dijele svoje podatke, primjerice tijekom hitnih slučajeva javnog zdravstva. Alternativni repozitorij, GISAID, zahtijeva od korisnika da se registriraju, priznaju vlasnike podataka i daju sve od sebe da surađuju s vlasnicima. Baza je razvijena kako bi se osigurala prava podnositelja podataka.

GISAID je bio od velike pomoći tijekom pandemije COVID-19 popularan i sadrži gotovo 17 milijuna sekvenci SARS-CoV-2, virusa iza COVID-19. Međutim, istraživači su zabrinuti oko prozirnost u svom upravljanju, kako posreduje u sporovima oko priznavanja i kako nameće sankcije onima za koje vjeruje da su prekršili Uvjete usluge.

"GISAID je posljednjih godina izazvao mnogo frustracija", kaže Spyros Lytras, evolucijski virolog sa Sveučilišta u Tokiju. "Iz ovih je iskustava znanstvena zajednica naučila kako možemo biti bolji. Resetiranje je ono što nam treba kao zajednici, a Pathoplexus bi mogao biti rješenje."

Predstavnik GISAID-a rekao je u e-poruci da je povjerenje koje ima u znanstvenu zajednicu jako i da više od 70.000 istraživača koristi ovu stranicu. Uloge njegovih upravljačkih tijela i financijera predstavljene su na web stranici, a njihovi uvjeti korištenja nisu se mijenjali od osnutka 2008. godine, rekao je predstavnik.

Izgradite povjerenje

Pathoplexus nudi neke zaštite za korisnike. Na primjer, istraživači mogu postaviti ograničenja kako se njihovi podaci mogu koristiti, na primjer, ne mogu se koristiti kao središnji fokus znanstvenih publikacija do godinu dana bez njihovog izričitog dopuštenja. To bi vlasnicima podataka trebalo dati dovoljno vremena da predaju rukopis o svojim rezultatima.

Korisnici također moraju potvrditi vlasnike podataka u svojim publikacijama. "Namjeravamo izgraditi zajednicu u kojoj istraživači imaju povjerenja da se njihov doprinos poštuje i pravilno priznaje", kaže Jamie Southgate, član Pathoplexusa i direktor operacija globalne koalicije Public Health Alliance for Genomic Epidemiology sa sjedištem u Cape Townu, Južnoafrička Republika.

Pathoplexus neće nikome tko prekrši Uvjete korištenja blokirati pristup Stranici, što GISAID je to učinio u rijetkim slučajevima. Umjesto toga, tim će kontaktirati časopise kako bi osigurao da se objavljeni podaci koriste u skladu s načinom na koji su podijeljeni, objašnjava Emma Hodcroft, suosnivačica Pathoplexusa i molekularna epidemiologinja na švicarskom Institutu za tropsko i javno zdravstvo u Baselu, Švicarska. "Pokušali smo uvjete učiniti nevjerojatno jasnima", kaže ona.

"To je dobro, pametno rješenje", kaže Senjuti Saha, molekularni mikrobiolog iz Zaklade za istraživanje dječjeg zdravlja u Dhaki, koji podržava praksu kontaktiranja izdavača. “Tako bi trebalo biti.” Ona smatra da će transparentnost Pathoplexusa povećati povjerenje unutar znanstvene zajednice.

Ali još je prerano reći hoće li repozitorij riješiti trenutne probleme dijeljenja podataka, kaže Saha. "To je izvrstan i fantastičan prvi korak."

Korisnici također mogu težiti dijeljenju sekvenci u lokalnim bazama podataka. U Kini, na primjer, veća je vjerojatnost da će istraživači objaviti sekvence novonastalih virusa u kineskim bazama podataka, kaže Shi Mang, evolucijski biolog sa Sveučilišta Sun Yat-sen u Shenzhenu, Kina, koji također sjedi u znanstvenom savjetodavnom odboru Pathoplexusa. Ali za etablirane viruse vjerojatno će koristiti repozitorije s dobro održavanim kolekcijama koje Pathoplexus nudi.

Poboljšano korisničko iskustvo

Programeri Pathoplexusa pokušali su poboljšati korisničko iskustvo, između ostalog tako što su učitavanje učinili što lakšim. Pathoplexus također provjerava podatke o slijedu i popratne informacije za pogreške i pomaže organizirati viruse u podtipove. "To je zapravo ono što me privuklo ovoj bazi podataka", kaže Shi. Netočne sekvence u trenutnim repozitoriju mogu značajno omesti istraživače, dodaje.

Do sada je Pathoplexus koristio podatke GenBank za četiri virusa za naseljavanje stranice. Tisuće posjetitelja već su pristupile stranici, a 50 ih je stvorilo račune za slanje podataka, ali nitko dosad nije poslao nizove, objašnjava Hodcroft. "Nismo očekivali velike količine podataka za patogene s kojima smo započeli."

Istraživači koji rade na drugim virusima morat će pričekati dok se baza podataka ne proširi kako bi ih uključila. Za širenje tima potrebno je osigurati dugoročno financiranje. Stranicu trenutno vode volonteri i donirano računalo, što će završiti za otprilike šest mjeseci. Hodcroft kaže da joj je trenutačni cilj privući donatore. "Oprezno sam optimističan."