Un nuovo database in cui i ricercatori potranno condividere i genomi di virus pericolosi promette di risolvere molti dei problemi che ostacolano le alternative esistenti. Ma prima bisogna convincere i ricercatori a usarli.

Pathoplexus, una combinazione di agente patogeno e plesso, è stato lanciato il mese scorso e il team di scienziati dietro il database spera che possa motivare più ricercatori a condividere sequenze genetiche di virus noti ed emergenti di importanza per la salute pubblica.

Condividere le sequenze il più rapidamente possibile è importante per identificare nuovi virus e tenere traccia dei cambiamenti che potrebbero renderli più pericolosi per le persone, nonché per sviluppare vaccini, spiega Edward Holmes, virologo dell'Università di Sydney, in Australia.

Pathoplexus è attualmente concentrato su quattro virus che non sono specificatamente elencati in altri database: virus della febbre emorragica Crimea-Congo, Ebola Sudan, Ebola Zaire e virus del Nilo occidentale. Altri agenti patogeni verranno aggiunti in seguito, ha affermato il team.

Ostacoli esistenti

Tra i più grandi archivi esistenti c’è GenBank negli Stati Uniti, che offre accesso illimitato ai propri dati genomici. Ma l’accesso pubblico significa che, in teoria, chiunque può utilizzare i dati per pubblicare articoli scientifici senza riconoscere i proprietari dei dati. Ciò ha scoraggiato gli scienziati, in particolare quelli dei paesi a basso reddito, dal condividere rapidamente i propri dati, come durante un’emergenza sanitaria pubblica. Un repository alternativo, GISAID, richiede agli utenti di registrarsi, riconoscere i proprietari dei dati e fare del loro meglio per collaborare con i proprietari. Il database è stato sviluppato per garantire i diritti di chi presenta i dati.

GISAID è stato estremamente utile durante la pandemia di COVID-19 popolare e contiene quasi 17 milioni di sequenze di SARS-CoV-2, il virus dietro COVID-19. Tuttavia, i ricercatori nutrono preoccupazioni riguardo al trasparenza nella sua governance, come media le controversie sul riconoscimento e come impone sanzioni a coloro che ritiene abbiano violato i Termini di servizio.

“Il GISAID ha causato molta frustrazione negli ultimi anni”, afferma Spyros Lytras, virologo evoluzionista dell’Università di Tokyo. "Da queste esperienze, la comunità scientifica ha imparato come possiamo fare meglio. Un reset è ciò di cui abbiamo bisogno come comunità, e Pathoplexus potrebbe essere la soluzione."

Un rappresentante del GISAID ha affermato in una e-mail che la fiducia che ha nella comunità scientifica è forte e che più di 70.000 ricercatori utilizzano il sito. I ruoli dei suoi organi di governo e dei finanziatori sono presentati sul sito web, e i loro termini di utilizzo non sono cambiati dalla sua fondazione nel 2008, ha detto il rappresentante.

Costruisci fiducia

Pathoplexus offre alcune protezioni per gli utenti. Ad esempio, i ricercatori possono stabilire restrizioni su come i loro dati possono essere utilizzati, ad esempio non possono essere utilizzati come fulcro centrale delle pubblicazioni scientifiche per un massimo di un anno senza il loro esplicito consenso. Ciò dovrebbe dare ai proprietari dei dati abbastanza tempo per inviare un manoscritto sui loro risultati.

Gli utenti devono inoltre riconoscere i proprietari dei dati nelle loro pubblicazioni. “Intendiamo costruire una comunità in cui i ricercatori abbiano fiducia che i loro contributi siano rispettati e adeguatamente riconosciuti”, afferma Jamie Southgate, membro di Pathoplexus e direttore delle operazioni della coalizione globale Public Health Alliance for Genomic Epidemiology con sede a Città del Capo, in Sud Africa.

Pathoplexus non impedirà a chiunque violi i Termini di utilizzo di accedere al Sito, che GISAID lo ha fatto in rari casi. Invece, il team contatterà le riviste per garantire che i dati pubblicati vengano utilizzati in conformità con il modo in cui sono stati condivisi, spiega Emma Hodcroft, co-fondatrice di Pathoplexus ed epidemiologa molecolare presso lo Swiss Tropical and Public Health Institute di Basilea, in Svizzera. "Abbiamo cercato di rendere le condizioni incredibilmente chiare", afferma.

"È una soluzione valida e intelligente", afferma Senjuti Saha, microbiologa molecolare presso la Child Health Research Foundation di Dhaka, che sostiene la pratica di contattare gli editori. "Così dovrebbe essere." Lei ritiene che la trasparenza del Pathoplexus aumenterà la fiducia all'interno della comunità scientifica.

Ma è ancora troppo presto per dire se il repository risolverà gli attuali problemi di condivisione dei dati, dice Saha. “È un primo passo eccellente e fantastico.”

Gli utenti possono anche tendere a condividere sequenze nei database locali. In Cina, ad esempio, i ricercatori hanno maggiori probabilità di pubblicare sequenze di virus emergenti nei database cinesi, afferma Shi Mang, biologo evoluzionista dell'Università Sun Yat-sen di Shenzhen, in Cina, che fa anche parte del comitato consultivo scientifico di Pathoplexus. Ma per i virus consolidati, probabilmente utilizzeranno repository con raccolte ben mantenute offerte da Pathoplexus.

Esperienza utente migliorata

Gli sviluppatori di Pathoplexus hanno cercato di migliorare l'esperienza dell'utente, anche rendendo il caricamento il più semplice possibile. Pathoplexus controlla inoltre i dati della sequenza e le informazioni di accompagnamento per verificare la presenza di errori e aiuta a organizzare i virus in sottotipi. "Questo è in realtà ciò che mi ha attratto verso questo database", dice Shi. Le sequenze errate negli archivi attuali possono ostacolare notevolmente i ricercatori, aggiunge.

Finora, Pathoplexus ha utilizzato i dati GenBank per i quattro virus utilizzati per popolare il sito. Migliaia di visitatori hanno già avuto accesso al sito e 50 hanno creato account per inviare dati, ma finora nessuno ha inviato sequenze, spiega Hodcroft. “Non ci aspettavamo grandi quantità di dati per gli agenti patogeni con cui abbiamo iniziato”.

I ricercatori che lavorano su altri virus dovranno attendere finché il database non si espanderà per includerli. Per espandersi, il team deve garantire finanziamenti a lungo termine. Il sito è attualmente gestito da volontari e tempo computerizzato donato, che terminerà tra circa sei mesi. Hodcroft afferma che il suo obiettivo attuale è attirare donatori. “Sono cautamente ottimista.”