Jauna datubāze pētniekiem, lai dalītos ar bīstamo vīrusu genomiem, sola atrisināt daudzas problēmas, kas kavē esošās alternatīvas. Bet vispirms pētnieki ir jāpārliecina tos izmantot.

Patoplexus - patogēna un pinuma kombinācija - tika uzsākts pagājušajā mēnesī, un datu bāzes zinātnieku komanda cer, ka tas motivēs vairāk pētnieku dalīties ar zināmu un jaunu vīrusu ģenētiskajām sekvencēm ar sabiedrības veselības nozīmi.

Sekvenču pēc iespējas ātrāka koplietošana ir svarīga, lai identificētu jaunus vīrusus un izsekotu izmaiņām, kas tos varētu padarīt bīstamākus cilvēkiem, kā arī izstrādātu vakcīnas, skaidro Sidnejas Universitātes (Austrālija) virusologs Edvards Holmss.

Pathoplexus pašlaik koncentrējas uz četriem vīrusiem, kas nav īpaši uzskaitīti citās datu bāzēs: Krimas-Kongo hemorāģiskā drudža vīruss, Ebola Sudāna, Ebola Zaire un Rietumnīlas vīruss. Vēlāk tiks pievienoti vairāk patogēnu, sacīja komanda.

Esošie šķēršļi

Viena no lielākajām esošajām krātuvēm ir GenBank Amerikas Savienotajās Valstīs, kas piedāvā neierobežotu piekļuvi saviem genoma datiem. Taču publiska piekļuve nozīmē, ka teorētiski ikviens var izmantot datus, lai publicētu zinātniskus rakstus, neatzīstot datu īpašniekus. Tas ir atturējis zinātniekus, jo īpaši no valstīm ar zemiem ienākumiem, ātri kopīgot savus datus, piemēram, sabiedrības veselības ārkārtas situācijā. Alternatīva repozitorija GISAID pieprasa lietotājiem reģistrēties, atzīt datu īpašniekus un darīt visu iespējamo, lai sadarbotos ar īpašniekiem. Datubāze tika izstrādāta, lai nodrošinātu datu iesniedzēju tiesības.

GISAID ir bijis ārkārtīgi noderīgs COVID-19 pandēmijas laikā populārs un satur gandrīz 17 miljonus sekvenču no SARS-CoV-2, vīrusa, kas ir aiz COVID-19. Tomēr pētniekiem ir bažas par caurspīdīgums savā pārvaldībā, kā tas ir starpnieks atzīšanas strīdos un kā tas uzliek sankcijas tiem, kuri, pēc tā domām, ir pārkāpuši pakalpojumu sniegšanas noteikumus.

"Pēdējos gados GISAID ir izraisījis lielu neapmierinātību," saka Tokijas universitātes evolūcijas virusologs Spyros Lytras. "No šīs pieredzes zinātnieku kopiena ir iemācījusies, kā mēs varam darīt labāk. Atiestatīšana ir tas, kas mums kā kopienai ir nepieciešams, un Pathoplexus varētu būt risinājums."

GISAID pārstāvis e-pastā teica, ka tā uzticēšanās zinātnieku aprindām ir spēcīga un ka vietni izmanto vairāk nekā 70 000 pētnieku. Mājaslapā ir izklāstītas tās pārvaldes institūciju un finansētāju lomas, un to lietošanas noteikumi nav mainījušies kopš tās dibināšanas 2008.gadā, sacīja pārstāve.

Veidojiet uzticību

Pathoplexus piedāvā lietotājiem dažus aizsardzību. Piemēram, pētnieki var noteikt ierobežojumus viņu datu izmantošanai, piemēram, tos nevar izmantot kā galveno zinātnisko publikāciju fokusu līdz pat gadam bez viņu skaidras atļaujas. Tam vajadzētu dot datu īpašniekiem pietiekami daudz laika, lai iesniegtu manuskriptu par saviem rezultātiem.

Lietotājiem savās publikācijās ir arī jāatzīst datu īpašnieki. "Mēs plānojam izveidot kopienu, kurā pētnieki ir pārliecināti, ka viņu ieguldījums tiek ievērots un pienācīgi atzīts," saka Džeimijs Sautgeits, Pathoplexus loceklis un globālās koalīcijas Sabiedrības veselības alianse genomikas epidemioloģijas jomā, kas atrodas Keiptaunā, Dienvidāfrikā.

Pathoplexus nevienam, kas pārkāpj Lietošanas noteikumus, nebloķēs piekļuvi Vietnei, kas GISAID to ir darījis retos gadījumos. Tā vietā komanda sazināsies ar žurnāliem, lai nodrošinātu, ka publicētie dati tiek izmantoti atbilstoši veidam, kādā tie tika kopīgoti, skaidro Emma Hodkrofta, Pathoplexus līdzdibinātāja un Šveices Tropu un sabiedrības veselības institūta molekulārā epidemioloģe Bāzelē, Šveicē. "Mēs centāmies padarīt nosacījumus neticami skaidrus," viņa saka.

"Tas ir labs, gudrs risinājums," saka Senjuti Saha, molekulārais mikrobiologs no Bērnu veselības pētniecības fonda Dakā, kurš atbalsta praksi sazināties ar izdevējiem. "Tā tam vajadzētu būt." Viņa domā, ka Pathoplexus caurspīdīgums palielinās uzticēšanos zinātnieku aprindās.

Bet joprojām ir pāragri teikt, vai repozitorijs atrisinās pašreizējās datu koplietošanas problēmas, saka Saha. "Tas ir lielisks un fantastisks pirmais solis."

Lietotājiem var būt arī tendence koplietot secības vietējās datubāzēs. Piemēram, Ķīnā pētnieki, visticamāk, publicēs jauno vīrusu sekvences Ķīnas datu bāzēs, saka Ši Mangs, evolūcijas biologs Sun Yat-sen Universitātes Šeņdžeņā, Ķīnā, kurš arī atrodas Pathoplexus zinātniskajā konsultatīvajā padomē. Bet attiecībā uz izveidotiem vīrusiem viņi, iespējams, izmantos krātuves ar labi uzturētām kolekcijām, ko piedāvā Pathoplexus.

Uzlabota lietotāja pieredze

Pathoplexus izstrādātāji ir mēģinājuši uzlabot lietotāja pieredzi, tostarp padarot augšupielādi pēc iespējas vienkāršāku. Pathoplexus arī pārbauda secības datus un pievienoto informāciju, lai konstatētu kļūdas, un palīdz sakārtot vīrusus apakštipos. "Tas patiesībā mani piesaistīja šai datubāzei," saka Ši. Viņš piebilst, ka nepareizas secības pašreizējās krātuvēs var ievērojami kavēt pētniekus.

Līdz šim Pathoplexus ir izmantojis GenBank datus par četriem vīrusiem, lai aizpildītu vietni. Tūkstošiem apmeklētāju jau ir piekļuvuši vietnei, un 50 ir izveidojuši kontus datu iesniegšanai, taču neviens līdz šim nav iesniedzis secības, skaidro Hodkrofts. "Mēs negaidījām lielu datu apjomu par patogēniem, ar kuriem sākām."

Pētniekiem, kas strādā ar citiem vīrusiem, būs jāgaida, līdz datubāze paplašinās, iekļaujot tos. Lai paplašinātos, komandai ir jānodrošina ilgtermiņa finansējums. Šobrīd vietni pārvalda brīvprātīgie un ziedo datorlaiku, kas beigsies aptuveni pēc sešiem mēnešiem. Hodkrofta saka, ka viņas pašreizējais mērķis ir piesaistīt donorus. "Es esmu piesardzīgi optimistisks."