Nová databáza pre výskumníkov na zdieľanie genómov nebezpečných vírusov sľubuje vyriešiť mnohé z problémov, ktoré bránia existujúcim alternatívam. Najprv sa však výskumníci musia presvedčiť, aby ich používali.

Pathoplexus - kombinácia patogénu a plexu - bol spustený minulý mesiac a tím vedcov za databázou dúfa, že bude motivovať viac výskumníkov, aby zdieľali genetické sekvencie známych a nových vírusov s významom pre verejné zdravie.

Čo najrýchlejšie zdieľanie sekvencií je dôležité pre identifikáciu nových vírusov a sledovanie zmien, ktoré by ich mohli urobiť nebezpečnejšími pre ľudí, ako aj pre vývoj vakcín, vysvetľuje Edward Holmes, virológ z University of Sydney v Austrálii.

Pathoplexus sa v súčasnosti zameriava na štyri vírusy, ktoré nie sú špecificky uvedené v iných databázach: vírus krymsko-konžskej hemoragickej horúčky, Ebola Sudan, Ebola Zaire a vírus západného Nílu. Ďalšie patogény budú pridané neskôr, uviedol tím.

Existujúce prekážky

Medzi najväčšie existujúce úložiská patrí GenBank v Spojených štátoch, ktorá ponúka neobmedzený prístup k svojim genomickým údajom. Verejný prístup však znamená, že teoreticky môže ktokoľvek použiť údaje na publikovanie vedeckých článkov bez potvrdenia vlastníkov údajov. To odradilo vedcov, najmä z krajín s nízkymi príjmami, od rýchleho zdieľania svojich údajov, napríklad počas núdzovej situácie v oblasti verejného zdravia. Alternatívne úložisko, GISAID, vyžaduje, aby sa používatelia zaregistrovali, uznali vlastníkov údajov a snažili sa s vlastníkmi spolupracovať. Databáza bola vyvinutá na zabezpečenie práv predkladateľov údajov.

GISAID bol mimoriadne nápomocný počas pandémie COVID-19 populárny a obsahuje takmer 17 miliónov sekvencií vírusu SARS-CoV-2, ktorý stojí za COVID-19. However, researchers have concerns about the transparentnosť vo svojom riadení, ako sprostredkúva spory o uznanie a ako ukladá sankcie tým, o ktorých sa domnieva, že porušili Zmluvné podmienky.

"GISAID spôsobil v posledných rokoch veľa frustrácie," hovorí Spyros Lytras, evolučný virológ na univerzite v Tokiu. "Z týchto skúseností sa vedecká komunita naučila, ako to môžeme urobiť lepšie. Reset je to, čo ako komunita potrebujeme a Pathoplexus by mohol byť riešením."

Zástupca GISAID v e-maile uviedol, že dôvera, ktorú má s vedeckou komunitou, je silná a že túto stránku používa viac ako 70 000 výskumníkov. Úlohy jej riadiacich orgánov a donorov sú prezentované na webovej stránke a ich podmienky používania sa od jej založenia v roku 2008 nezmenili, uviedol zástupca.

Budujte dôveru

Pathoplexus offers some protections for users. Výskumníci môžu napríklad stanoviť obmedzenia týkajúce sa použitia ich údajov, napríklad ich nemožno použiť ako ústredné zameranie vedeckých publikácií až jeden rok bez ich výslovného súhlasu. Vlastníkom údajov by to malo poskytnúť dostatok času na predloženie rukopisu o ich výsledkoch.

Používatelia musia vo svojich publikáciách uviesť aj vlastníkov údajov. „Máme v úmysle vybudovať komunitu, v ktorej budú mať výskumníci istotu, že ich príspevky sú rešpektované a náležite uznávané,“ hovorí Jamie Southgate, člen Pathoplexus a riaditeľ operácií globálnej koalície Public Health Alliance for Genomic Epidemiology so sídlom v Kapskom Meste v Južnej Afrike.

Pathoplexus nebude blokovať nikoho, kto poruší Podmienky používania, v prístupe na stránku, ktorá GISAID in seltenen Fällen getan hat. Namiesto toho bude tím kontaktovať časopisy, aby zabezpečil, že zverejnené údaje sa použijú v súlade so spôsobom, akým boli zdieľané, vysvetľuje Emma Hodcroft, spoluzakladateľka spoločnosti Pathoplexus a molekulárna epidemiologička zo Švajčiarskeho inštitútu pre tropické a verejné zdravie v Bazileji vo Švajčiarsku. "Snažili sme sa, aby boli podmienky neuveriteľne jasné," hovorí.

„Je to dobré, šikovné riešenie,“ hovorí Senjuti Saha, molekulárna mikrobiologička z nadácie Child Health Research Foundation v Dháke, ktorá podporuje prax kontaktovania vydavateľov. “That’s how it should be.” Myslí si, že transparentnosť Pathoplexus zvýši dôveru vo vedeckej komunite.

Je však ešte priskoro povedať, či úložisko vyrieši súčasné problémy so zdieľaním údajov, hovorí Saha. "Je to vynikajúci a fantastický prvý krok."

Používatelia môžu mať tendenciu zdieľať sekvencie v lokálnych databázach. Napríklad v Číne vedci s väčšou pravdepodobnosťou zverejnia sekvencie vznikajúcich vírusov v čínskych databázach, hovorí Shi Mang, evolučný biológ na Sun Yat-sen University v Shenzhene v Číne, ktorý tiež sedí vo vedeckej poradnej rade Pathoplexus. Ale pre zavedené vírusy budú pravdepodobne používať úložiská s dobre udržiavanými zbierkami, ktoré Pathoplexus ponúka.

Vylepšená používateľská skúsenosť

Vývojári Pathoplexus sa pokúsili zlepšiť používateľskú skúsenosť, a to aj tak, že nahrávanie bolo čo najjednoduchšie. Pathoplexus tiež kontroluje sekvenčné údaje a sprievodné informácie na chyby a pomáha organizovať vírusy do podtypov. "To je vlastne to, čo ma priviedlo k tejto databáze," hovorí Shi. Nesprávne sekvencie v súčasných úložiskách môžu výskumníkom výrazne brániť, dodáva.

Pathoplexus doteraz používal údaje GenBank pre štyri vírusy na osídlenie stránky. Na stránku už vstúpili tisíce návštevníkov a 50 si vytvorilo účty na odoslanie údajov, ale nikto doteraz neposlal sekvencie, vysvetľuje Hodcroft. "Neočakávali sme veľké množstvo údajov o patogénoch, s ktorými sme začali."

Výskumníci pracujúci na iných vírusoch budú musieť počkať, kým sa databáza rozšíri o ne. Aby sa tím mohol rozširovať, potrebuje si zabezpečiť dlhodobé financovanie. Stránku momentálne prevádzkujú dobrovoľníci a darovaný počítačový čas, čo sa skončí približne o šesť mesiacov. Hodcroft hovorí, že jej súčasným cieľom je prilákať darcov. “I’m cautiously optimistic.”